Il Santuario della Madonna delle Grazie è situato tre chilometri e mezzo dal centro di Capoliveri, a pochi metri dal mare. È un edificio a croce latina, affiancato da un campanile di architettura orientaleggiante. L'impianto artistico della struttura, realizzata nel XVI secolo, risente fortemente dell'epoca di declino del Rinascimento e progressiva affermazione del Barocco.

Il luogo è divenuto fin dagli albori della sua nascita meta di pellegrinaggio. Questo grazie ad un piccolo dipinto, raffigurante la Beata Vergine, tanto caro agli abitanti della zona. Alla leggenda del quadro è legata l'origine del Santuario della Madonna delle Grazie Si racconta che l'immagine sia stata trovata sulla spiaggia dai capoliveresi. Il fatto, già di per se stesso sensazionale, si ripete una seconda volta. La tela, infatti, portata in paese dai suoi scopritori, torna misteriosamente sulla spiaggia, senza che nessuno si riesca a spiegare chi possa averla ricondotta nel luogo del ritrovamento.
Giudicato il fatto miracoloso, i capoliveresi decidono allora di erigere sulla spiaggia una cappella, che è il nucleo originario del futuro santuario. Tuttavia vi è anche una seconda leggenda, che racconta che la piccola tela è stata trasportata dai monaci di San Mamiliano di Montecristo nel luogo dove avevano stabilito di costruire il loro nuovo monastero. L'immagine, sempre secondo questa seconda versione, sarebbe stata donata loro da Papa Giulio II della Rovere.
La strada che collega il Santuario al paese è invece opera di alcuni monaci francesi, in fuga dalle persecuzioni giacobine, che nel 1792 hanno trovato rifugio proprio nel piccolo romitorio accanto all'edificio religioso. Per ringraziare gli eremiti della loro ospitalità i frati si sono offerti di lavorare al tracciato. A partire dal XX secolo il Santuario della Madonna delle Grazie non è stato più custodito dai monaci eremiti. È grazie all'opera di restauro finanziata privatamente dal magnate tedesco Gustav Blankenagel che l'edificio è stato restituito alla sua bellezza originaria. Inoltre, durante i lavori è stato rinvenuto un altare in pietra di stile medievale, che fa ipotizzare l'esitenza di una struttura antecedente al santuario.
Tra le opere conservate all'interno del Santuario della Madonna delle Grazie vi è un olio su tela di Marcello Venusti, una "Madonna del Silenzio" copia di una bozza del suo maestro, il noto artista rinascimentale Michelangelo Buonarroti. Il piccolo dipinto ritrae San Giovanni Battista nell'atto di chiedere di fare silenzio, con l'indice davanti alla bocca, per non svegliare il Bambino Gesù. Lo si può ammirare posto la centro dell'altare maggiore.