Situata al centro della valle Graziosa, a soli 10 km da Pisa, la Certosa di Calci è uno dei più grandi complessi monastici della Toscana. Fondata alle pendici del Monte Pisano, al suo interno ospita il Museo di Storia Naturale e del Territorio.

La Certosa viene fondata nel maggio del 1366 dall'Arcivescovo di Pisa Francesco Moricotti. Le opere vengono finanziate con un lascito ereditario di un ricco mercante pisano di origine armena, Pietro di Mirante della Vergine, che nelle sue ultime volontà esprime il desiderio che venga fondata un'abbazia con i suoi averi. È anche a causa della nascita del complesso che quella che un tempo si chiamava "Valle Buia", viene ora ribattezzata "Valle Graziosa".
Negli ultimi anni del Trecento, con il supporto finanziario della nobiltà e alta borghesia pisana, vengono completati il Refettorio, il Capitolo, la Chiesa, le celle dei frati e le abitazioni dei conversi. A questi ultimi è affidata l'attività produttiva del monastero, legata all'agricoltura, la produzione di vino e la lavorazione di ferro e legno. Nel 1425, la Certosa si consacra definitivamente come luogo dal forte prestigio e potere politico, con l'acquisizione dell'antico e un tempo molto ricco monastero benedettino dell'isola di Gorgona.
In seguito, il convento subisce numerose altre opere di ampliamento, sfruttando le continue donazioni che le più illustri famiglie pisane elargiscono nella speranza di guadagnarsi un indulgenza per il paradiso. Nel XVII secolo vengono realizzati il chiostro e la fontana. L'attuale aspetto si deve però soprattutto ai lavori svolti tra il 1764 ed il 1797 dal priore Alfonso Maria Maggi, grazie al quale molti pittori vengono chiamati a decorare gli ambienti vecchi e nuovi con i loro affreschi. I nomi di casati e famiglie mercantili che hanno contribuito a queste opere sono stati elencati dal pittore pisano Pietro Giarrè, che sul finire del XVIII secolo ne ritrae gli stemmi all'interno finte nicchie di Luigi Pochini. Si possono ancora osservare lungo il corridoio delle Foresterie Nobili.
Soppressa dalle leggi napoleoniche del 1808, che sciolgono tutte le confraternite religiose, la Certosa diventa parte del demanio pubblico, ma l'ordine certosino continua ad abitarla fino al 1972. Dal 1978 l'ala ovest del complesso è stata adibita a museo aperto al pubblico dall'Università di Pisa. Nel museo si possono ammirare numerose collezioni legate al territorio pisano, con parte del patrimonio dell'Orto Botanico di Pisa e pezzi di eccezionale importanza geologica, paleontologica e biologica.